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Logiciels de recherche

 Les membres du Centre LIVES développent des outils informatiques sous forme de librairies pour l’environnement R de calcul et graphiques statistiques.

Une boite à outils pour l’exploration et la visualisation de séquences (plus d'info). Vers le package TraMineR

Maintenu par Gilbert Ritschard.

Collection of fonctions supplémentaires à utiliser en conjonction avec la librairie 'TraMineR' pour l’exploration de données sous forme de séquences. Vers le package TraMineRextras.

Maintenu par Gilbert Ritschard.

Partitionnement de séquences d’états et de données pondérées. La librairie offre un algorithme PAM (partionnement autours de médoïdes) pondéré optimisé ainsi que des fonctions d’agrégation d’observations répétées, des mesures de qualité de partitionnement y compris une fonction pour calculer ces mesures pour un ensemble de solutions de clustering, et des outils originaux de représentations graphiques de clusters de séquences d’états. Vers le package WeightedCluster.

Maintenu par Matthias Studer.

Estimation de divers modèles markoviens pour données catégorielles, y compris les chaines de Markov homogènes d’ordre quelconque, les modèles MTD, les modèles de Markov cachés (HMM) et les modèles de Markov à doubles chaines (DCMM). Vers le package march

Maintenu par André Berchtold.

La librairie offre des outils pour analyser des séquences d’états avec des arbres probabilistes à suffixes (PST) une représentation opérationnelle de chaines de Markov de longueur variable (VLMC). La librairie PST propose des fonctions d’apprentissage et d’optimisation de modèles VLMC. Elle inclut également toute une série d’outils pour analyser des séquences avec ces modèles : outils de visualisation, fonctions de prédiction de séquences et de génération de séquences artificielles, ainsi que de fouille de contextes et de séquences types. La librairie est spécialement adaptée aux sciences sociales avec des procédures d’apprentissage de modèles VLMC à partir d’ensembles de séquences individuelles pondérées et incluant possiblement des données manquantes. La librairie permet de plus de calculer la divergence probabiliste entre deux modèles ainsi que d’ajuster des VLMC segmentés où les sous-modèles ajustés sur les différentes strates sont tous inclus dans un même PST. Vers le package PST

Maintenu par Alexis Gabadinho.

Estimation par partitionnement récursif de modèles linéaires généralisés et de modèles mixtes ordinaux à coefficients variables. La librairie vcrpart permet en particulier un partitionnement récursif propre à chaque coefficient, la prise en compte de coefficients non-variables et le partitionnement de coefficients de variables variant dans le temps en régression longitudinale. Vers le package vcrpart.

Maintenu par Reto Bürgin.

Spacom fournit des outils pour constuire et exploiter des données contextuelles spatiales pondérées. Vers le package Spacom

Maintenu par Till Junge.